海洋经济研究所主要职责为围绕海洋经济等产业领域，开展项目评审、产业研究、产业规划及相关咨询服务等智库业务，以海洋经济高质量发展为主线，积极推动构建市区联动的海洋经济发展格局，承担财政专项资金资助政策研究和资助项目评审服务，开展海洋高端装备、海洋电子信息、海洋生物、海上风电、海水淡化等海洋产业发展研究，持续为建设深圳全球海洋中心城市出谋划策。